Речь шла о Яндекс картах, а не о НЯК. Там никакой точки не появляется. Как вариант такую точку можно было бы добавить и на Я.Карты, чтобы избежать описанной вами проблемы.
Урочища, у которых нет территории, а есть только точка с центром не выделяются кликом на Я.Картах. Выделить их можно только через поиск по названию. Чтобы например сообщить о неточности в названии нужно перепечатывать его название и выбирать нужный объект в результатах поиска. Объект должен выделяться по клику на его название на карте.
Не пробовали изменить масштаб карты? Появляется точка - центр АТД, который можно выбрать. Если реализовывать ваше предложение: выбор АТД по клику на назввнии, то в населённых пунктах это будет только мешать при выборе соседних объектов.